C1驾驶证扣4分的年检流程如下：

1. 当事人需要先持身份证和驾驶证，到车管所申请办理处理违章记分手续。

2. 处理完毕后，当事人持身份证、户口本、身体健康证明，到车管所申请办理驾驶证年审手续。

3. 审验时应当参加不少于三小时的道路交通安全法律法规、交通安全文明驾驶、应急处置等知识学习，并接受交通事故案例警示教育。

请注意，如果在一个记分周期内，记分未达到12分，罚款已全部缴清，那么下一记分周期开始系统自动将所处罚款全部清零。如果有罚款未缴清，那么记分将自动转入下一记分周期。