货车被扣停运费应由货车运输公司承担赔偿责任。

因为运输公司有责任确保货物的安全运输，并且应当购买保险以覆盖运输过程中的意外事件。

如果货车因为司机操作不当导致交通事故，那么运输公司应当承担相应的赔偿责任。

而如果交通事故是由其他车辆引起的，那么运输公司可以向相关的保险公司申请赔偿。

值得注意的是，对于货物运输过程中出现的损失，运输公司应当及时向货主报告，并且协商解决赔偿问题。

如果货主对运输公司的赔偿方案不满意，可以向相关政府部门投诉或者起诉运输公司。