现代鸟类和孔子鸟之间存在显著的不同之处，这些差异主要体现在以下几个方面：

羽毛和外观：现代鸟类拥有丰富多彩的羽毛，这些羽毛不仅用于飞行，还起到保暖、色彩展示和健康维护等多种作用。而孔子鸟则是一种没有羽毛的鸟类，它拥有裸露的皮肤和羽翼，身体呈棕色，头顶上有红色的皮肤和两条鲜红的毛冠。因此，在外观上，现代鸟类比孔子鸟更为华丽和多彩。

骨骼结构：现代鸟类的骨骼通常轻巧但坚固，适合飞行。它们的骨骼中有许多气腔，这减轻了体重，使得飞行更加高效。孔子鸟的骨骼结构虽未详细描述，但考虑到其时代背景和进化程度，其骨骼结构可能与现代鸟类有所不同。

生态和栖息地：现代鸟类栖息在各种类型的生态系统中，包括森林、草原、湖泊、海洋等多种环境。而孔子鸟则主要在非洲的热带草原和沙漠地区栖息，它们生活在干燥的环境中，因此对水有很强的需求。

进化程度：从进化角度来看，孔子鸟的形态特征比始祖鸟显得进步，生活时代也应该比始祖鸟晚。而现代鸟类经过长时间的进化，已经发展出了更为复杂和多样的生活习性和生态位。

总的来说，现代鸟类和孔子鸟在羽毛、外观、骨骼结构、生态和栖息地以及进化程度等方面都存在明显的不同。这些差异反映了鸟类在漫长的进化历程中的多样性和复杂性。