广州到珠海地铁既有地上段也有地下段。从广州南站出发，地铁一号线途经多个地下站点，如汉溪长隆、大石、厦滘等，直至广州市区内的广州塔站，换乘地铁二号线后出地面，经过市区内的多个地上站点，如昌岗、江南西等，最后到达珠海九洲港站。因为地形、城市布局不同，地铁线路既有地上又有地下，建设难度也不同。