单胃动物消化蛋白质主要依赖胃蛋白酶、胃蛋白酶前体、胃酸以及胰蛋白酶等酶的作用。胃蛋白酶可将蛋白质分解成小肽和游离氨基酸，其中游离氨基酸能被直接吸收利用，小肽则需由肠黏膜细胞进一步分解成游离氨基酸后再被吸收。

单胃动物的蛋白质吸收率较高，但在未经消化的蛋白质通过肠道时，会影响到消化吸收其他营养素，故建议单胃动物的饮食应以易消化的蛋白质为主。